Проверка компьютера на наличие spyware напоминает обычное сканирование антивирусом. Результатом проверки становится вывод списка элементов, которые, по мнению Spybot, выполняют роль шпионов. При этом различные элементы списка окрашиваются в разные цвета, в зависимости от степени ущерба, который они могут принести. Так, шпионы, просто отслеживающие перемещения пользователя по Сети, окрашиваются в зеленый цвет, поскольку не представляют непосредственной угрозы. Клавиатурные шпионы, троянские кони и другие серьезные уязвимости будут помечены красным цветом. Каждый элемент из списка содержит описание действий, которые он выполняет. Конечным результатом работы Spybot становится удаление вредоносных элементов или помещение их в карантин.

Используя Spybot и любые подобные программы, стоит помнить о том, что шпионские модули могут попадать на компьютер совершенно легально. При установке программного обеспечения пользователи, как правило, не читают пространных лицензионных соглашений, а в них иногда совершенно открыто указано, что инсталляция данной программы сопровождается установкой модуля, выполняющего некие шпионские функции. Spybot, скорее всего, обнаружит и удалит такой модуль, но в результате основная программа может перестать работать. Пользователю приходится самому выбирать, что важнее – работоспособность программы или отсутствие вшитого в нее шпионского модуля. Если пользователь выяснит, что вред от данного конкретного модуля минимален, он сможет восстановить его из карантина, тем самым восстановив работоспособность основной программы.

Spybot запускается в двух режимах: упрощенном (easy) и расширенном (advanced). В расширенном режиме пользователь может настроить программу в соответствии со своими желаниями и уровнем квалификации. В упрощенном режиме программа лишь выполняет проверку в соответствии с имеющимися настройками. Таким образом, если пользователь не слишком опытен, он может запускать Spybot в упрощенном режиме, используя настройки по умолчанию.